возможно ли заставить работать уже существующую wi-fi аппаратуру на других частотах
Можно, но сложно.
тем самым обезопасив свои устройства от взлома, перехвата управления и других неприятных вещей
Что? Каким образом смена частоты повлияет на безопасность и возможность взлома??
возможно ли заставить работать принимающие устройства на других частотах, к примеру, управление дроном, опять же для защиты, желательно на частотах по ниже для большей дальности
Можно, но сложно - полностью переделывать радиомодуль. И какое это имеет отношение к дальности?
И существуют ли альтернативы GPS\GLONASS для самостоятельного развертывания в масштабах нескольких километров(надеюсь звучит не слишком глупо)?
Конечно - например та же сотовая сеть.
Можете и самостоятельно разработать. Ставите несколько маяков по периметру - и обычная триангуляция.
И что интересно - где вы собрались брать эти другие частоты? Кто их выделит вам?