aibb

1) нет, понимаете неправильно. То что получилось - это комплексное число (в википедию, если не ясно), в котором спрятаны амплитуда и фаза самой низкой частоты в преобразовании. Дальнейшие элементы массива - это тоже комплексные числа с амплитудами-фазами.

Чтобы вытащить из них амплитуды, нужно найти модуль комплексного числа (опять же, см. википедию, как это считать). Для вытаскивания фаз, нужно найти аргумент комплексного числа.

Учтите, что из математических свойств преобразования Фурье над вещественными данными, итоговый массив после вычисления амплитуд окажется зеркально симметричным относительно центра - так то половину результата вам надо выкинуть.

2) А тут надо почитать базовые учебники по ML. Нишант Шакла, написал хороший, например.

Законен ли парсинг БД ФНС?

Да.
Данные открыты - любой может их получить, берите и получайте.
Но если парсинг создаст большую нагрузку на сервера и затруднит их нормальную работу, то это может быть расценено как DDoS атака, а там уж в зависимости от последствий можно пару статей из УК или ГК подобрать.

Поэтому парсите на здоровье, но не увлекайтесь отправкой запросов разом с тысячи хостов.

Попробуйте клиент из Java 9.
Не закрывайте клиент. Добавьте хендлер для кук.

var cookieHandler = new CookieManager();
        CookieHandler.setDefault(cookieHandler);
       var executor = Executors.newWorkStealingPool(10);
       var httpClient = HttpClient.newBuilder()
                .executor(executor)
                .connectTimeout(Duration.ofSeconds(15))
                .version(HttpClient.Version.HTTP_2)
                .followRedirects(HttpClient.Redirect.ALWAYS)
                .cookieHandler(CookieHandler.getDefault())
                .build();

Используйте повторно при последующих запросах.

Например так :

final HttpRequest httpRequest = HttpRequest.newBuilder()
                .GET().uri(URI.create(url))
                .build();
        return httpClient.sendAsync(httpRequest, RESPONSE_BODY_HANDLER)
                .thenApply(response -> System.out.println(response.statusCode()));