Ну вообще-то при использовании нормальных фреймворков/ORM вероятность SQL Injection или например атаки с помощью XSS становится очень небольшой. Но если хочется перестраховаться, запретите прямое хождение в таблицу и работайте с ней исключительно через процедуры например, частично поможет. (Безопасность - это процесс, а не результат).
SELECT id FROM table_name WHERE object_id = $OBJECT_ID AND time >= $START_TIME AND time <= $END_TIME ORDER BY time LIMIT 1