Разработчики сказали, что ошибка действительно была на нашей стороне. Будет исправлено в следующей сборке. Пока же попробуйте в диалоге «Язык и региональные стандарты» в Windows поставить значение «Английский (США)», затем установить Evernote, а после установки вернуть значение на прежнее.
Да, изначально создавался для этого, но пользователи используют эту утилитку для чистки базы MSI вообще. Разумеется, на свой страх и риск и без каких-либо гарантий.