Dark Hole

Все работает, но если у меня в реальности просто работает цикл - у меня нет возможности давать имена (myFather, myMother), у меня есть просто i - это сколько таких объектов нужно создать. Т.е. первый вопрос как их создавать в боевых условиях?

Странный вопрос. Массив объектов - JS же слаботипизированый.

var array = [];
for(var i = 0; i < 100; i++) array.push(new Person('aaa', 'bbb',  60, 'hgf');

Вопрос второй по удалению delete myMother. Опять же когда пишу код из тутора все работает. Как мне сказать в боевых условиях "удали первый и 34й объект" или "удали те объекты у которых age == 27"?

В программе нельзя просто удалить объект, нужно дать на него ссылку. Если они у вас все в массиве, то соответсвенно будет
delete array[1];

А третий вопрос, самый загадочный (для меня). Как мне мне выбрать например 2й объект (я не знаю его имени)?

Для выбора объекта, не надо знать его имени. Надо иметь на него ссылку.

Как узнать сколько "живых"(которых я не удалил) объектов от этого прототипа сейчас?

Никак

Мне кажется, вы не прочитали про переменые. В любом случае их не правильно поняли

Пойдет любая, абсолютно любая ОС, где есть текстовой редактор и браузер.
Лучше текстовый редактор с подсветкой синтаксиса HTML, CSS и JS. Мне лично нравиться Atom, но как хотите.
Единственная причина, по которой можно поставить линукс - это крутые инструменты для пентестинга и тестинга вообще. Но на самом коде это никак не отразится.

P.S. А у знакомого нужно прямо спросить, какие подводные камни?) Я кодил и с Windows 10, и с Debian. Разница только в скорости работы ОС и браузере по умолчанию.

WebSocket. Можно использовать Socket.io если у вас на бэкенде Node.js - будет очень удобно.
Для кроссбраузерности под треклятую Opera Mini можно еще посмотреть на ServerSentEvents и Ajax-запросы(он XNR)

Ничего крутого, выравнивание по центру.

setTimeout + clearTimeout при нужном эвенте не катят?

var time;
function onmousemove(e) {
  if(time) clearTimeout(time);
  ...
  time = setTimeout(onstop, 100);
}
function onstop() {
  // Cursor stopped
}

$('.parent > div:not(.no-select)')
Поэлегантнее

.item > a[href=#1]:hover {
  color: red;
}

Все достаточно банально. При клике на меню добавляем класс подсветки, убираем у других этот класс, складываем активный элемент(если есть) и скроллим к элементу(есть крутой модуль ScrollTo)

PHPшник? В JS есть объекты и массивы. Массивы простые. Никаких асоцативных массивов. Поэтому, задачу можно решить двумя вариантами:
1. На выходе

{
  'param1': 'value1',
  'param2':  'value2'
}

2. На выходе
[['param1', 'value1'], ['param2', 'value2']]
Итак, первый вариант сложнее, поэтому мы начнем со второго.
Вы почти угадали решение. Нужно использовать всего лишь пройтись по парам и разбить их еще раз. Еще есть регулярки, но это уж слишком и, к тому же, выйдет массив вида ['param1', 'value1', 'param2', 'value2']. Рассматривать его я не стану, т.к. можно относительно легко найти на эту тему. Да и вы не просили. Собственно код:

var string = "param1 = X, param2 = X, param3 = X";
var ar = string.split(', ');
for(var i = 0; i < ar.length; i++) {
  ar[i] = ar[i].split(' = ');
}

Первый вариант чуть сложнее, однако сводится к тому же:

var string = "param1 = X, param2 = X, param3 = X";
var ar = string.split(', ');
var obj = {};
for(var i = 0; i < ar.length; i++) {
  var el = ar[i].split(' = ');
  obj[el[0]] = obj[el[1]];
}

function click_on_button(e) {
   ...
   e.stopPropagation();
}
function click_on_window(e) {
  $('.active').toggleClass('active');
}

Но мне порекомендовали не использовать stopPropagation... что ж.

var click_on_menu = false;
function menuClick(e) {
  ...
  click_on_menu = true;
}
function documentClick(e) {
  if(click_on_menu) click_on_menu = false;
  else $('active').removeClass('active');
}

Дока, как вы и просили. Смотрите Parametres - callback.

Говоря на русском, в callback передается параметр времени из performance.now(). Поэтому, правильнее было бы писать так:

function update(time = performance.now()) {
...
}