Насколько я понял, там у вас ужо systemd.
А он настраивается по другому:
В файл /etc/systemd/system/multi-user.target.wants/mysql.service (не помню точно, как в 16.4 путь выглядит)
в секцию [Service] написать LimitNOFILE=16384 (при необходимости файл и секцию создать! За шаблон можно взять какой-нибудь файл оттуда же, cron.service, например)
и
sudo systemctl daemon-reload
sudo systemctl restart mysql