Больше вопросов, чем ответов. Все зависит от сути задачи, от специфики работы интернет магазина. На чем он построен, как будет отдавать данные для выгрузки в 1с или 1с должна сама запрашивать актуальные заказы на сайте. Определиться с форматом данных обмена. Файл это будет или веб-сервис. С авторизацией или без. По какому протоколу ( ftp,http, что-то иное).
Как ранее заметили, писать напрямую в базу 1с не стоит. Лучше промежуточные обработки использовать (методы, сервисы, службы). Можем связаться, пообщаться.