Вариантов несколько. Сохраняете все правила в файл iptables:
iptables-save > /etc/sysconfig/iptables
затем в любом текстовом редакторе удаляете ненужное правило и загружаете правила:
iptables-restore < /etc/sysconfig/iptables
Второй вариант более грамотный. Выводите правила из цепочки INPUT по номерам командой:
iptables -L INPUT --line-numbers
Ищете по номеру и удаляете нужное правило:
iptables -D INPUT номер_в_списке
Однако, учтите, что после каждого удаления правила индексы обновляются, поэтому желательно выполнять команду
iptables -L INPUT --line-numbers после каждого удаления правил, иначе можно случайно удалить нужное.
