в каждой строке по 2 слова. Проверка на наличие дублей должна быть по первому слову, а не по всей строке
if words and words[0] == value: здесь два логических действия первое words[0] == value второе, вычисляется результат первого И words, т.е.(1 and 0 == 0)->True
import sys
sys.path.append('../utils')
import foo
foo.in_foo('hello')├── main
│ ├── file.py
│ └── tt.py
└── utils
├── foo.py
PS Нельзя удалять элемент коллекции, которая перебирается, могут быть последствия.