Если у вас ООП приложение, то можно попробовать следующий способ:
0. Отключаем все расширения в пхп.ини.
1. Составляем список всех расширений пхп в виде массива, устанавливаем свой обработчик ошибок через
ua.php.net/manual/en/function.set-error-handler.php.
2. Грузим все расширения в рантайме с помощью
php.net/manual/en/function.dl.php
3. Загружаем все классы, все файлы какие можно.
4. Повторяем пункты 2-3, по очереди не загружая одно из расширений. Если вылетит эксепшн или ошибка — значит не загруженное расширение используется.
Покрытие конечно не 100% т.к. все файлы загрузить не получится (в тех же вьюхах, если их напрямую грузить, посыпятся ошибки).