Если у вас складской учет подразумевает просто мониторинг остатков и купля/продажа, то можете использовать только бух. учет. Что касается бух учета, то лучше его вести отдельно от операционной деятельности. Если же вы хотите использовать 1с облако, то можете реализовать обмены по формату Битрикс. Если же есть возможность, то можно либо организовать на стороне 1с веб-сервис, либо со стороны 1с дергать необходимые данные.
