Где набраться знаний по цифровому потоку E1: теория, практика?

Начать искать даташит на QuadFalc наверное стоит, IMHO :)

Какие могут быть проблемы с asterisk в виртуальной среде?

ТС, Главное другое - уделите внимание теме Безопасность и чтению Будущего Телефонии..

Какое оборудование выбрать для подключение E1 потока к Asterisk?

Добавлю что в отличии от упомянутых конкурентов сигнализация SIP и PRI обрабатывается ПО Asterisk - соотвественно нет проблем при "кривых" руках у провайдеров - будь то прохождение CallerID (иногда в дополнительных полях или же в Name), необходимость регистрировать абонентов на самом шлюзе и многое другое. Ну и 15 лет на рынке Е1 - мы не делаем ни PON, ни GOIP, ни FXO - только Е1 оборудование.