Дмитрий Шицков

Вот вы наварили кашу в вопросе из CI, CD, мониторинга и логирования!
Если хочется в одном месте - у Gitlab есть интеграция с Kubernetes. К сожалению, не уверен покроет ли на 100% ваши пожелания, но вроде бы базовый мониторинг и отображение логов он мог https://docs.gitlab.com/ee/user/clusters/agent/ind...

Если разделять, то уже придется отталкиваться от желаемого решения по деплою. Опишу на своем примере - мне подход GitOps лучше всего подходит, и я выбрал выкатываться с использованием helm и ArgoCD - есть минмиальный мониторинг и логирование в одном месте.
Централизованный мониторинг сервисов организован при поддержке Prometheus / Prometheus Operator.
Логирование в ELK со сбором логов через filebeat.
В случае необходимости визулаьного восприятия состояния кластера, использую Lens.

Обновление базы накатывается и откатываться миграциями. Механизмов и инструментов миграций предостаточно, можно выбрать подходящий.
Миграции можно катить как с кодом, так и отдельно.
Существует одно полезное правило, которым любят пренебрегать - код должен поддерживать базу версий v и v-1. Миграция так же не должна ломать совместимость кода v-1 при накатаке. В таком случае можно говорить о безопасной выкатке новой версии, и безопасном способе откатываться.

в .gitlab-ci.yml как то указать настройки ssh и папку на vps сервере с приложением

https://ealebed.github.io/tags/gitlab-ci/

Хм, Jenkins?

Jenkins - может всё что вам нужно.

деплой из git

Где у вас репозитории? Github, gitlab, bitbucket и т.д. имеют встроенный CI, т.е. можно обойтись и без Jenkins.