У вас CRS - с ними будет несколько проще. Просто объедините все порты парами в "виртуальные свитчи", можно обойтись даже без VLAN, если не критично их наличие. Вешайте на каждый "виртуальный свитч" свой DHCP.
По маршрутизации меду подсетями упретесь в CPU - ничего не поделаешь, это L2 свитч с роутером, по сути. Не самым мощным роутером. Остаётся надеятся, что трафика между подсетями не так много будет. Можно попробовать расшевелить немного
wiki.mikrotik.com/index.php?title=Manual:IP/Fasttr...
Отсутвие интернета, полагаю, связано с отсутствием настроенного NAT, DNS... да чего угодно. Требуется понимать что настроено, чтобы сказать, что недонастроено.