Могу предложить такие варианты:
- Сделать так, чтобы не приходилось проверять так тщательно после обновления на удалённом сервере. Настройте свое локальное окружение для лучшего соответствия.
- Заведите на сервер поддомен, типа dev.mysite.org и проверяйте все там как удобно, прежде чем обновлять прод
- Не используйте git на prod. Версионирование нужно для кода, а не сервера. Туда можно хоть архивом лить.
Ну и как комбо вариант, начать использовать ci/cd, тот же Travis. Обновилась ветка с подготовлены релизом - автоматом вылился на сервер по scp/sftp с адресом-поддоменом. Все устроило? Мердж в мастер и автоматом(на самом деле, лучше вручную или с ограничением по git tag) поехало на прод.