например, содержимое 123.php (его будем менять)
<?PHP 
echo 'some code';
echo 'some code';
$a = 1;
$b = 2;
$с = 3;
echo 'some code';
echo 'some code';
?>
и если решать тупо в лоб:
<?php
        $file = '123.php'; 
        $string = 5; //считаем с нуля.
		$value = "\$c = bla ,bla;\r\n";        
        $config_array = file($file);
        print_r($config_array);   // смотрим, что прочитано
		echo '<hr />';      // просто, для визуального комфорта
		$config_array[$string] = $value;
		print_r($config_array);  //смотрим, что получилось
		echo '<hr />';
		$f = fopen($file,'w');
		for ($i = 0; $i <= count($config_array); $i++) 
		{
		fwrite($f,$config_array[$i]); 	//перезаписываем файл
		}
		$config_array = file($file); // читаем снова,
		print_r($config_array); // и видим, что получилось.
		echo '<hr />';
        ?>
сделать поиск по именам переменных тоже недолго, но по-моему, постоянная перезапись файла, в котором есть еще какой то код.. это что то неправильное.