Запускайте программу установки из-под Администратора — а после успешной (ли?) установки запустите проверить, установился ли загрузчик на флэшку и является ли раздел на флэшке первым (вдруг у него номер 1 или 2, а не 0) при помощи программы Bootice (для её корректной работы тоже иногда приходится запускать от имени Администратора)
bootice.narod.ru/ и, при необходимости, вручную вкатите на неё Grub4dos