Есть непопулярное мнение: что прежде чем куда-то лезть - надо это что-то изучить.
Для данного действия неплохо подходит гугл и его
результаты поиска.
Если в двух словах - apk это не просто zip файл.
После модификации он должен быть подписан.
"Система" и "атрибуты" меняются потому, что вы редактируете файл в соответствующей системе.