index.php, а вот в файлах подключаемых модулей как-раз и находится куча логических выражений для разбора GET-массива. Грубо говоря, если перейти по адресу: http://example.com/index.php?module=5&zsk=1&abc=3992, то вызовется файл /modules/5/index.php в котором и будет находится ад, предназначенный для разбора URI строки.