Так как переписывать предполагается на Ноде, то советую взять за основу архитектуру микросервисов:
Упрощенно:
- Выделяем некую сущность, например пользователь
- Пилим на Ноде мини-API по управлению пользователями (добавление/удаление/регистрация/восстановление паролей и т.д.)
- Прикручиваем PHP к этому мини-API, таким образом тестируем интеграцию
- Постепенно, когда вся бизнес-логика переписана на микро-сервисы, можно перенести фронт-энд на какой-нибудь нодовский фреймворк, тот же express и выуля - готово