Постойте, Вы при установке системы отказываетесь от online репозитариев, а потом грешите что ось у Вас бредовая...
Срочно поправить/обновить source.list
Kali sources.list RepositoriesИ для наглядности.
Все остальные нестандартные программы добавляются через персональные архивы пакетов (PPA) вручную.
Для примера. 