Ну, как вариант:

<?php
$feedObj = simplexml_load_file("type.xml");
$arr = [];

foreach ($feedObj as $item):
	foreach($item->bonus as $bonus):
		$arr[(string)$item["name"]][(string)$bonus["id"]] = (string)$bonus["value"];
	endforeach;
endforeach;
echo "<pre>";
var_dump($arr);
echo "</pre>";

Результат:

array(2) {
  ["Зачарованные сапоги"]=>
  array(9) {
    [99]=>
    string(9) "20.000000"
    [256]=>
    string(8) "0.650000"
    [257]=>
    string(8) "0.490000"
    [2]=>
    string(10) "210.000000"
    [244]=>
    string(8) "0.600000"
    [248]=>
    string(8) "0.520000"
    [249]=>
    string(8) "0.410000"
    [304]=>
    string(8) "1.000000"
    [0]=>
    string(8) "0.000000"
  }
  ["Зачарованные поножи"]=>
  array(9) {
    [99]=>
    string(9) "21.000000"
    [256]=>
    string(8) "0.580000"
    [257]=>
    string(8) "0.510000"
    [2]=>
    string(10) "410.000000"
    [248]=>
    string(8) "0.650000"
    [249]=>
    string(8) "0.550000"
    [240]=>
    string(8) "0.020000"
    [304]=>
    string(8) "1.000000"
    [0]=>
    string(8) "0.000000"
  }
}

Но при этом, когда id совпадают, то у тебя будет только последняя запись (у тебя 0 дублируется зачем-то)