YMakeev

Поставь себе на сервер VestaCP. Там уже все реализовано и даже по фен-шуй...
Пользователи раздельно, базы раздельно. При желании можно и несколько сайтов одному пользователю добавить, но не стоит.

WStanley , Если хочешь "мосчь новой БД." - тогда тебе в докер.
Создавай проекты Стеками (несколько контейнеров логически объединенных), используй Траефик [https://containo.us/traefik/], для маршрутизации трафика. Тогда все будет просто и логично :)

Раздели проект на 2 части:
1. Физическая сеть по зданиям/объектам
2. Программная/серверная часть + логика работы.

Для первого зовите местных специалистов и стройте сеть. Желательно сразу на оптике магистрали и медь внутри зданий.

А со вторым сюда пачкой отдельных вопросов.

Если каналы интернета позволяют то выносите все в облака с территории завода. Терминальные серверы, облачные АТС и на местах нужен только интернет и пользователей проще пересаживать...