YEASTOR

1. Прочитать git-scm.com/book/ru
2. Настроить 2 среды (1 - боевая, та где лежит общедоступный сайт, 2 тестовая - на хостинге или локально)
3. Создать git репозиторий
4. Настроить .gitignore, чтобы файлы с кэшем, с логами, с настройками БД, с кодом CMS не отправлялись в репозиторий.
5. Создать 2 ветки dev и master, в master - только протестированный, рабочий код.
6. После успешного тестирования в тестовой среде, заливаем (в ручную или через IDE) файлы на боевой ФТП, тестируем, сливаем master с dev.

В пункте 6 есть сложность, как залить только измененный файлы на ФТП?
Можно настроить git на боевом сервере и делать Pull из удаленного репозитория (bitbucket.org)
Можно использовать умную IDE типа PhpStorm, которая сама заливает изменения на фтп.

Какой движок вы используете?

Во внешнем файле должна быть функция, которая принимает параметры. В twig вызываете эту функцию.
twig
alertMessage("{{ alrt_message }}")
.js

function alertMessage(message){
   alert(message);
}

stackoverflow.com/questions/17083796/access-an-unm... это?

Использую phpStorm, и bitbucket для хранения кода в приватном репозитарии.
Работаю так:
Есть два FTP: боевой (VPS) и тестовый (VDS)
В phpStrom два проекта "Имя_проекта Dev" и "Имя_проекта Prod" у каждого настроен RemoteHost на соответствующий FTP. Для каждого проекта подключен удаленный git репозитария на bitbucket.
Вся разработка ведется на тестовом фтп, после чего делается Push в ветку dev удаленного репозитария.
После чего в Production проекте Pull в локальную dev ветку, заливка изменений на Production FTP (Ctrl+s в phpStrom), тестирование (ручное), merge её с master веткой и Push в удаленный репозиторий уже в master ветку.

Делал по этой инструкции confluence.jetbrains.com/display/TCD8/Setting+up+a...
Ставил из zip файла (раздел Installing via ZIP File)
Распаковал файл, потом "for Linux and MacOS X: \bin\agent.sh start", агент поднялся