При этом переходник, в котором теперь стоит HDD, чуть больше привода по размерам и клавиатура немного выпирает.
Попробуйте без этого переходника проверить клавиатуру. может как раз клавиатура выпирает. и этот переходник. за что-то опирается. и следовательно клавиатура глючит.
Есть еще предположение. Когда вы вставляли этот переходник, По вашим словам он немного больше по размерам. вот как раз переходник что-то задел во внутренностях. но это маловероятно.