Stanislav Martynov

1 миллион маркеров пусть они занимают килобайт каждый
Гигабайт памяти? Пусть это корявый яваскрипт и он дает оверхед х3
3 гига

Пусть будет расширение в 3 раза.
9 гигов
Не очень большой сервер с 16 гигами оперативки.

Это если в лоб. Если поставить какой нибуть Redis то память сократится до 3 гигов в самом жестком варианте.

Почти все гео-поисковые системы для хранения геометрии используют либо quad-tree либо R-tree. К чему здесь Mongo - вообще непонятно. Это бд другого типа. Для документов.

Бери деревья и используй. Мало памяти - ну решай это быстрыми дисками или просто покупай больше узлов для параллельных поисков.