У нас компания порядка 1500 человек, которые работают именно за компьютером. Года полтора назад стал перед нами тот же вопрос, т.к. файловая помойка разрослась до масштабов необъятного.
Наших бюрократов не устраивало ничего. В итоге через год пришли к общему решению собирать единую рабочую систему, где и файлы, и CRM, и почта, и т.п. будет в одной среде. Выбрали 1с. Честно, впечатления не на столько ужасны, как я себе представлял) Лично я отвечаю за ветку внедрения именно 1с:Документооборот КОРП.
Систематизировать информацию в нем весьма просто, установка и настройка тоже в пределах разумного. В общем я бы посоветовал смотреть в эту сторону(или чего-то подобного).