Для тех, кто, как и я, долго искал ответа на этот вопрос:
1) COMODO все вам прислал в ZIP файле
2) В терминале "соединяем" три файла
cat COMODORSADomainValidationSecureServerCA.crt COMODORSAAddTrustCA.crt AddTrustExternalCARoot.crt > domain.com.cer
3) В конфигурационном файле сайта в Apache вставляем
SSLEngine on
SSLCertificateFile /etc/apache2/ssl/domain.com.crt
SSLCertificateKeyFile /etc/apache2/ssl/domain.com.key
SSLCACertificateFile /etc/apache2/ssl/domain.com.cer
domain.com.crt - тоже из ZIP файла
4) Перезапускаем Apache
sudo service apache2 restart
5) смотрим на сайт, идем сюда
https://www.sslshopper.com/ssl-checker.html вбиваем свой домен - все должно быть зеленым :)