"no module named setuptools" при установке Django, что делать?

При установке Python, там в списке есть Add python.exe to Path. Тыкни туда и выбери Will be installed...
Потом пуск выполнить cmd
и там пишешь pip install django

Настройка vmWare Debian Apache2?

apachectl -S что говорит?
Посмотрел prntscr.com/78ho75 - у тебя апач долбится в Main DocumentRoot

Как настроить туннель или добавить proxy в linux?

Смотря что делать через эти каналы) Символ $ был указ в качестве переменной.
При поднятии openvpn, будет дополнительная подсеть.
К примеру настриваем openvpn, там подсеть 10.0.0.0/24, значит на сервере 1:
iptables -t nat -A POSTROUTING --source 10.0.0.0/24 -j SNAT --to-source 192.88.99.1
В этом случае, весь трафик с подсети 10.0.0.0/24 будет идти через 192.88.99.1

Как восстановить mysql?

Создай новую базу с тем же именем и кинь файлы в /var/lib/mysql/имя базы/
Права только потом поправить нужно будет.

Почему не работает/запускается uwsgi?

mrusklon: supervisord или самописный демон для запуска uwsgi в режиме "имератора"

Почему Linux зависает при больших нагрузка на ОЗУ?

Ресетить linux? Вы сударь жжете. Гуглите reisub + sysrq. Ну а по факту лучшее решение - апгрейд железа.

Хотел настроить VDS, "thin" сервер для Rails и запустил демона на порт 80, как уничтожить?

Хотя можно и к апачу прикрутить с помощью Phusion Passenger

Испортил тренировками дефолтный nginx.conf. Как исправить ошибку?

Андрей: Для проверки закоментируй include /etc/nginx/conf.d/*.conf; и убедись, что nginx заводится.