У тебя не срабатывает класс .modal_active т.к. повешен дисплей нан через атрибут, а он приоритетней чем класс.
просто исправьте добавление display none

var button = document.querySelector('#button');
var modal = document.querySelector('#modal');
var close = document.querySelector('#close');
	

button.addEventListener('click', function() {
	modal.classList.add('modal_active');
});

close.addEventListener('click', function() {
	modal.classList.remove('modal_active');

});
// 1ый способ 
setTimeout(function(){
  modal.classList.remove('modal_active');
}, 5000);

https://kenwheeler.github.io/slick/

https://learn.javascript.ru/onscroll#predotvrasche...