Нужен дополнительный слой абстакции. Скажем, берём БД+EF, пишем веб-сервисы на WebAPI, разворачиваем WebAPI. Из кода приложений на C# обращаемся по REST, из Python так же.
А какой смысл ставить ZDE 5.5, он же не поддерживает новые фичи PHP 5.3+?
Советую попробовать PhpStorm, если же так сильно хочется именно 5.5, то можете попробовать способ описанный здесь.
