Мне кажется может быить проблема в пути path. В папке bin 3 неактивных файла.
если просто python написать, вылезет версия Python 2
python: /usr/bin/python3.9 /usr/bin/python2.7 /usr/bin/python /usr/lib/python3.9 /usr/lib/python2.7 /etc/python3.9 /etc/python2.7 /usr/local/lib/python3.9 /usr/local/lib/python2.7 /usr/include/python3.9