суть в том, что распаковка загрузочного iso и последущая сборка файлов в iso не сделает его загрузочным
iso образ МОЖЕТ иметь несколько разделов, в определённых файловых системах с разными флагами
стоит помнить, что iso это образ, а не архив
для изменения таких образов лучше использовать проги типа ultaISO, не распаковывая сам образ