Начинал знакомство с eclipse, но больше нравится Android Studio. Работал в этих ide мало, т.к. только учусь, что то подробного не скажу, но в Android Studio намного приятней работать.
Разве, что у eclipse есть плюшка, это плагин синхронизации с git, но руками это делается тоже не тяжело.