Так нельзя
Как вариант (если у вас все сущности все равно находятся в неймеспейсе Entity, т.к. он захардкожен) - конфигурировать бандл перед каждой генерацией, а потом возвращать назад
maker:
root_namespace: 'App\Common'
Не забудьте добавить неймспейс в конфиг доктрины до генерации, т.к. иначе вы сгенерируете класс сущности и репозиторий, но добавить поля вам не дадут.
mappings:
App:
is_bundle: false
type: annotation
dir: '%kernel.project_dir%/src/Entity'
prefix: 'App\Entity'
alias: App
AppСommon:
is_bundle: false
type: annotation
dir: '%kernel.project_dir%/src/Common/Entity'
prefix: 'App\Common\Entity'
alias: AppСommon