Под линукс есть приблуда для разбиения больших XML
на куски меньшего размера.
Можно разбить а потом обратно собрать.
xml_split из пакета xml-twig-tools. https://linux.die.net/man/1/xml_split
скорей всего ты просто что-то пропустил,
apt достаточно дубовый, для того чтоб не сломать систему.
да и сам линукс/убунта тоже.
install, uninstall, autoremove - это все достаточно безопасно
по моему опыту, ставил всякую хрень, потом удалял.
недавно поставил intel mkl - куча пакетов, потом удалил,
брат жив.
Если система работает, не жалуется, ничего не отвалилось, то и думать об этом не надо
JyriG,
Это jupyter?
винда или линукс?
Выглядит как глюк, то есть не ошибка, а баг какой-то.
попробуйте явно задать
ax1.set_ylabel('Y', fontsize=10, color='black') # задать метку по оси Y
ax1.set_ylim((мин_значение_Y, макс_значение_Y)) # задать диапазон по Y
можно попробовать явно задать шрифт
hfont = {'fontname':'Arial'}
ax1.set_ylabel('Y', fontsize=10, color='black', **hfont)
у matplotlib неплохая документация, надо просто потратить время, повтыкать