На каком языке сейчас чаще всего программируют микроконтроллеры?

Конечно, подавляющее большинство микроконтроллеров программируется на C. (если отвлечься в сторону теории, то основой является требование выполнять конкретные инструкции CPU. Это достигается при помощи компилятора. Что есть компилятор: фронтенд(разбор человеческого текста во внутренний язык компилятора)->оптимизатор/и др.->кодогенератор. Из всего этого - можно заменить фронтенд - получим другой язык?, но не все так просто - особенности языка простираются в ограничения для оптимизатора.)
Из вышеупомянутого - понятно, что компиляторы, целью которых является код микроконтроллеров - преимущественно являются компиляторы для 'человеческого' C.
Для тех, кто достиг этой строки комментария - замечаю: существуют реализации ARM контроллеров, которые выполняют Java код на аппаратном уровне. Об этом - см. "семейство технологий Jazelle".
PS: Java не аналог C, он только имеет схожий синтаксис, для более лёгкого перехода специалистов от C к Java (так подразумевалось разработчиками Java).

Фронт-энд. С какого языка программирования продолжить?

Преамбула комментария: рассматривая слой абстракции ниже фронтенда - имеем, что динамический сайт обусловлен наличием высокоуровнего механизма для управления жизнью сайта, а статический сайт живёт за счёт прямого изменения контента, будь это HTML, JS и т.д.
Динамичный фронтенд статического сайта будет сильно связан с лежащим ниже уровнем, иначе - это отдельный управляемый компонент сайта, что характерно для динамических сайтов. В свою очередь, фронтенд динамического сайта - априори динамичен.
Таким образом, с одной стороны - это JS и связанные языки, требуемые для реализации функциональных потребностей; с другой стороны - абстрактный механизм, который управляется или графически (готовые CMS), или с точки зрения концепций платформы, реализующей такой механизм. Между этими двумя вариантами нет четкой границы.

Предлагаю посмотреть в сторону RAP Eclipse. Но это диктует обязательное использование Java, со всеми вытекающими последствиями: сервер приложений,...
Замечание: RAP можно использовать как библиотеку для элементов фронтенда (сам сайт организовать на базе Spring и др.); или запустить Eclipse RAP внутри сервера приложений - в таком варианте это одностраничный сайт, с широким функционалом десктопного приложения, где RAP используется для визуализации виджетов.