скорее вы в css сразу всем .flat-img задал z-index больше всех. так не нужно делать. Напишите в css .flat-img.active {z-index: x} а потом собственно и код в js
$(document).ready(function() {
$('.flat-img').mouseenter(function() {
$(this).addClass('active');
$('.floor-shadow').addClass('visible');
});
$('.flat-img').mouseleave(function() {
$(this).removeClass('active');
$('.floor-shadow').removeClass('visible');
});
});
сейчас хоть сто картинок будет