Самый простой вариант, который стоит попробовать: удалять программу специальной утилитой Vit Registry Uninstall.
Она тщательно вычищает все "хвосты" и любая программка, как правило, потом без проблем ставится заново.
Да, сохраняется в реестре или в каком-нибудь файле в глубине системы.
Проще всего это определить через утилиты сравнения реестра (RegCmp) - делаете слепок реестра до и после запуска ПО, получаете список изменений, а потом просто удаляете эту ветку для сброса ограничения.
Более сложный вариант - реверс инжиниринг .exe и анализ или отключение алгоритма проверки.
