Разобрался, надо было добавить PhpOffice\PhpWord\Settings::setOutputEscapingEnabled(true); до всех манипуляций в коде с Word. Дело было в самых данных XML. Word "не понимал" некоторых спецсимволов в нем, я так понял < и &. метод setOutputEscapingEnabled(true) в PHPWORD предназначен для обработки непрочитанных символов.. В итоге получил нормальную xml в вордовском файле. Дело за малым - нормальное форматирование придать..
