Сайт получает деньги только за разовую регистрацию пользователя?
Регистрируй с телефоном

И чтобы использовать скидку, человек должен будет получить СМС (и сказать его содержимое тому человеку которые ему физически предоставляет скидку).

На самом деле - это хорошо, что передают аккаунт. Это значит начал работать сарафан.

1. На Python CMS практические нет. Исторически сложилось, что весь выбор CMS - исключительно на PHP.
2. Знания языка программирования, при использовании готовой CMS уже заточенной под задачу, не требуется.
3. Брать сразу движок интернет-магазина нужно. А не универсальную CMS.
4. На Python имеет смысл на фреймворке, а не на CMS. Pyramid, Django и пр.

Все изменяемые данные, например картинки, ccs, js

Это неизменяемые части приложения. Они должны располагаться внутри Докеровского образа. Каждый раз при изменении css - образ перестраивается. Поскольку он инкрементальный - это быстро и не тратит много место на диске.

и загруженные пользователями файлы хранить в volume образе.

Не обязательно как файлы.

Можешь загружаемые пользователем файлы класть по сети на S3 или OpenStack Swift хранилище. Есть софт - эти вещи можно взвести и локально. А можно использовать и внешние серверы. Например, с помощью Ceph Object Storage.

Скажем Ceph автоматически размазывает данные на несколько серверов (полубэкап получается).

Каким инструментом всем этим добром управлять, чтобы была отказоустойчивость и желательно с веб морда?

Kubernetes, Yandex Cocaine (cocaine-runtime, cocaine-plugins, cocaine-tool)+Yandex Elliptics, Nomad+Consul+Registrator+Prometheus+Grafana, CloudFoundary, OpenShift, OpenStack, CoreOS, Docker Swarm, EtcD, Fleet, GoCircuit, Helios, AWS ECS, HTCondor, Hadoop YARN, Nagios/Zabbix/Sensu, SkyDNS, SmartStack, Puppet, Ansible, Chef, doozerd, CloudFormation, Boto, Fog, Heat и пр.

Что то из выше перечисленного - законченные платформы, что то кусочки из которых можете сложить свою платформу.

Rancher не сырой. Сырая RancherOS. Можно использовать другую.

Mesos вы использовали голый что ли? К нему нужна Aurora, Maraphon, Singularity.

Они все заточены под дикое количество нод. Ничто не мешает использовать и на 5 нодах. Правда, к примеру, Mesos из-за его Zookeeper неоправдано хочет минимум 16 гигабайтов на ноду.

В принципе достаточно Consul для многих вещей.
Пример:
https://medium.com/@ladislavGazo/easy-routing-and-...

Она еще меня и виноватым в этом выставила. Так и сказала, что сайт теперь, дескать, моя забота.

Обычное женское поведение.
Все нормально.

Я прифигел от подобной наглости мадам, пошел выпил стаканчик воды и вроде отпустило. И с этого дня началось: по несколько писем в день на почту с пометкой "URGENT!!!", полный игнор моих писем и каждый день новые требования выполнить все немедленно. Я понимаю, клиент всегда прав, но тут просто атас.

Клиент всегда прав?
Отнюдь.
Всегда правый клиент заставит тебя сесть на велосипед и крутить колеса чтобы электрогенератор вырабатывал энергию для его VDS.

А теперь давайте посмотрим с ее стороны:

Она наняла вас потому что сама в этом не в зуб ногой.
Вы согласились взяться за работу, начала тикать почасовка.

И вот сайт лежит.

Кто виноват?

Вы виноваты.

Я бы точно также бы и сделал в любой сфере в которой сам не разбираюсь, а в которой доверился профессионалу.