Все известные мне магазины пользуются связкой 1с управление торговлей + битрикс. Синхронизация товаров и заказов в такой связке работает хорошо из коробки. Конечно обычно в торговле не такие сложные бизнес-процессы. Под ваши все равно допиливать придется.