А сколько памяти? В общем файлы тоже стоило бы как-то ускорить, тут вопрос спорный, я бы запихал мелкие файлы на ssd (постоянно перезапиываются это сколько в сутки/час?), вариант держать кэш в оперативке. Случайный доступ быстро сожрет все IOPS у SAS диска. Опять же для мускула, особенно если достаточно памяти и хранилище InnoDB, можно слить на SAS, всё равно будет в памяти держать базу.
Без знания специфики всё равно сложно сказать, смотрите в первую очередь IOPS дисков, а не их скорость.
