Василий Иванов

1. Надо нормально настроить чпу. Точка входа должна быть одна. Так как у вас разные параметры - видимо две точки входа
Про настройку чпу можно тут почитать
2. Надо на всех страницах каталога установить canonical. Можно в шаблоне компонента в файле component_epilog.php сделать $APPLICATION->SetPageProperty("canonical", "%ссылка%");

Где %ссылка% - верная ссылка на товар / раздел текущие. Параметры после знака ? вырезать, проверить все варианты открытия детальной товара и проверить чтобы эта ссылка всегда одинаково отображалась и вела на одну реальную страницу

просто выгрузка

- просто точно не будет. Например, у меня интеграция поставщика длится уже второй месяц по организационной причине на стороне поддержки поставщика.
В основном пишется под каждого поставщика скрипт загрузки, можно его оформить в модуль и вешается на планировщик (крон). Многое зависит от наличия тех. поддержки поставщика. У крупных поставщиков есть модули для Битрикса, но не всегда.
У всех поставщиков разная специфика, даже XML файлы разные, нюансы структуры файла разные.
YML больше для простых товаров, вам не подойдёт если у поставщика каталог с вариативными товарами (с опциями), т.е. товары с торговыми предложениями.
Наценку можно делать в скрипте или с помощью маркетинговых правил битрикса.
Оперативно цены точно не получится менять, обычно это по расписанию.

Подробнее здесь на книгу.
Если вам надо самое простое решение в лоб, то сделать на странице 2 компонента - один будет фильтровать товары по наличию слова X и выводить только их, а другой будет фильтровать товары по его отсуствию и выводить их ниже. Все.

Но никакой сквозной пагинации и все товары на одной странице.

Любые варианты сложнее - это уже более детальное погружение в тему и разработка даже не компонента, а комплекса мер по сортировке товаров.

Например сколько у вас этих X'ов? Если немного, то можно налепить свойства которые будут альтернативными сортировками и заполнять их автоматически через хуки при сохранении товаров.
Если много... ну тогда уже надо думать. Возможно придется писать какой-то свой компонент который будет как-то реализовывать пагинацию особым образом и на каждом шаге извлекать все товары.

Короче для более детального погружения в тему надо знать сколько товаров, что мы хотим от этих сортировок, сколько слов и как будем работать с пагинацией.