> запушить туда продакшен
в этом месте у вас организационная ошибка. поток изменений должен идти от разработчика в продакшн, а не наоборот.
> сделать репозиторий на гитхабе
а это-то зачем? git init и вперёд по ssh, без всякого гитхаба
> Есть ли какой-то другой способ
rsync
но серьёзно, самая большая проблема — это в том, что у вас вообще есть задача перекидывать изменения из продашна в репозиторий.