Насколько точным должно быть совпадение?
Сверстать сайт пиксель в пиксель с макетом невозможно и не нужно, и на это есть причины. Одна из них — специфика отображения шрифтов в разных браузерах и операционных системах. Например, если вёрстка в Chrome сделана точно по образцу, то в Safari элементы могут отличаться.
Резиновая вёрстка тоже не позволяет достичь полного сходства. Причина в том, что дизайнер готовит макеты только в нескольких размерах. Например, 320px для мобильной версии, 768px для планшета и 1440px для экранов компьютеров. Этого достаточно, чтобы проверить фиксированную или адаптивную вёрстку. Но страница, которая меняет размеры элементов и перестраивает сетки в зависимости от ширины окна браузера, на промежуточных состояниях будет отличаться от макета.
Не пытайтесь добиться идеального совпадения: в реальной коммерческой разработке допускаются небольшие расхождения в отступах. Например, горизонтальная погрешность до 1-2px и вертикальная до 5px. Важнее научиться понимать сам принцип использования PerfectPixel.