Странно, что никто не посоветовал
duplicity. На удалённом сервере хранится набор зашифрованных архивов указанного размера (по умолчанию, кажется, 250 Мбайт) с именами-хэшами. На локальном компьютере хранится «база данных» соответствия файлов и архивов. Одной командой все указанные папки сжимаются, нарезаются, шифруются и отправляютя на сервер. Второй командой с сервера скачивается указанный файл (или все файлы).
Один из минусов — накладные расходы по траффику и месту.
