ThunderCat

$.ajax({
                url: url,
                dataType: "html",
                type: "GET",
                data: senddata,
                success: (function (data) {
                    if (data.lenght > 0) {
                        do_some_stuff(data);
                    }
                    else {
                        console.log('Шеф, усе пропало!');
                    }
                })
            })

может по тому что они у вас вызываются по id, который в dom должен быть уникальным?

curl
тык
жмяк

рекурсия... классика...
на жс я не настолько крут, и лениво переписывать. Есть классические статьи, как тут или тут, если хватит желания разобраться - смотрите и адаптируйте. Ничего космического там нет. Проход по элементам, каждый раз выбирая очередной встречающийся парент и если внутри него встречается принадлежащий этому паренту элемент - для него опять делается выборка элементов этой же функцией. Подход универсален для любого количества элементов и любого уровня вложенности.

это делается не так!
В куки добавляется лишь параметр который определяет вид отображения, если он (например)есть и установлен в 1 - на сервере подключается в шаблон еще 1 дополнительный css файл с нужными стилями.

return echo json_encode($_POST);

есть подозрение что выполняется закрытие по клику из последнего евента, вбейте туда консоле лог и проверьте, скорее всего не срабатывает условие исключения, то есть ловятся не те элементы которые вы думаете.

$('.check').on('change',function() {
        console.log('изменение');
        var sum = 0;
        $('.check').each(function(){
            if ($(this).prop('checked') == true)){
                sum += 1;
            }
        });
        console.log('выбрано = ' + sum);
    });

Есть подозрение что не в этом дело.
1) код должен быть обернут $(document).ready(function () {})
2) возможно есть ошибки ДО места выполнения кода. Смотрите ошибки в консоли.

еще раз поясним задачу:
1) сайт открывается из браузера по адресу url.ru/filename.php
2) сайт возвращает (?) ошибку при запросе аяксом
3)

При срабатывании кода открывается страница с ошибкой Error request 10! Undefined command.

То есть при срабатывании аякс(!) запроса страница у вас меняется...

Есть подозрение что код приведенный вами не полный, а в линке на который прописано события аякс запроса нет нужного куска кода, который делает preventDefault(); и весь ваш "аякс" уходит пешим эротическим маршрутом по заданному в линке урл.

Остальное мой третий глаз не может разглядеть - сумрак неспокоен и флуктуации маны ...

Добавление евента на документ или боди нужно использовать только в крайних случаях, вешайте клик на конкретный класс, тогда закрытие можно повесить на боди.

сто раз обсуждалось.

$.ajaxSetup({
                error: function (x, status, error) {
                    console.log("An error occurred: " + status + " nError: " + error + "  " + x);
                }
            });
            $.ajax({
                url: "/some/route",
                dataType: "json",
                type: "POST",
                data: {"key": key, "mode": mode},
                success: (function (data) {
                    if (data == "ok") {
                           alert('its ok!');
                           doSomeCallBack(data)
                    }
                })
            })

еще варианты
beforeSend:
error:
complete:

Promise callbacks — .done(), .fail(), .always(), and .then()

я чего то не догоняю или просто нужно завести массив флагов?

а что не работает, На каком этапе ошибка, что не получается, что пишет консоль, что смотрели через консоле.лог?

- может быть как то "перехватить " информацию после ajax запроса?

Инспектор на вкладке network может показать все что передавалось от и к вашему браузеру. Фильтр XHR покажет что передается через аякс запросы.

1 можно ли получить исходный код страницы средствами браузера?

Да, как написал Дмитрий уже - смотрим в инспекторе вкладку Elements. Вполне достаточно будет скопировать HTML тег полностью.

xhr.open("POST", 'form.php', true)

form.php вставляю в index через include,

???
Похоже вы не очень понимаете что и как должно работать...

Если есть роутинг и вы можете управлять выводом программно(то есть понимаете как работает роутинг/контроллеры), то нет проблем во вьюшке сделать вывод яваскрипта со скроллом до нужного якоря, по условию наличия ключевого слова в роуте/параметре.
что то типа такого:

//в контроллере/экшене
if(!empty($this->param[0])){
    $this->view->scrollTo = $this->param[0];
}

// во вьюшке
<script>
$(document).ready(function () {
<?
if(!empty($this->scrollTo)){?>
location.hash = "#<?=$this->srollTo?>";
<? } ?>
})
</script>

нормально делать именно как Дмитрий Гординский подсказывает, в процессе получения данных все управляющие элементы получают статус disabled, или просто обернуть их в общий блок и сделать для блока на время запроса

pointer-events: none;
opacity: 0.7;

, и в success функции аякса снимать эти стили. Тогда визуально блок будет полупрозрачным, подсказывая пользователю что тут ничего не работает, и по отработавшему скрипту все вернется как было в рабочее состояние.