Подключение проверял, работает. Соединяется.отсюда поподробнее, как вы это проверяете?
так то не бросал, но времени сейчас на это не хватает)советую выделить время и бросить.
select distinct up.property_id, u.id
from `user` u
left join `user_property` up
on up.user_id != u.id
выдает кол-во строк равное общему кол-ву строк в user_property,А вы уверены что эти свойства есть у юзера? Может их столько по тому что у юзера НЕТ этих свойств?