Проще разнести frontend и backend в разные директории, как это уже сделано, и в корне проекта убрать package.json.
сами проекты собирать переходя в нужные директории, как будто это две разные репозитории
в целом, проще не смешивать их, ведь случаи когда фронтендер что-то коммитит в бекенд или наоборот довольно редки, и даже если будет коммит, то бекендеру проще это отследить и понимать что происходило в git log
